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Los inventarios de especies en este parque, realizados por Investigadores del Instituto Nacional de Investigaciones Forestales, Agrícolas y Pecuarias, se han limitado a aves, mamíferos y plantas vasculares. Con el fin de reforzar el Programa de Manejo del parque nacional se necesita se necesita actualizar estos inventarios y ampliar su cobertura taxonómica para incluir a otros grupos de vertebrados, además de invertebrados, briofitas y hongos. Con base en estos resultados se podrá establecer un programa de monitoreo permanente de especies clave. En los diferentes ambientes del parque nacional (bosque de pino-encino, bosque mesófilo, bosque de galería) se establecerán estaciones de muestreo permanentes para hacer colectas y observaciones de los diferentes grupos taxonómicos mediante técnicas y métodos convencionales, i.e. trampas, uso de redes y conteos directos para insectos y mariposas en transectos, conteo por puntos y captura con redes ornitológicas para aves, trampas y redes para mamíferos pequeños y medianos (voladores y no voladores) distribuidas en cuadrantes, así como cuadrículas para el muestreo y evaluación de la vegetación en los hábitats reconocidos. Se tramitarán los permisos de colecta necesarios en las instancias correspondientes de SEMARNAT y del parque nacional. La determinación de los ejemplares colectados, que se depositarán en colecciones nacionales, será validada por taxónomos especialistas. Se construirán curvas de acumulación de especies por taxón como función de la unidad de esfuerzo de recolecta. Los resultados se presentarán en tablas y cuadros que contrasten la diversidad por taxón por tipo de ambiente, en bases de datos para los grupos taxonómicos estudiados ensamblados de acuerdo con los criterios sugeridos por la CONABIO, en curvas de acumulación de especies que permitan la comparación entre ambientes y en mapas de distribución espacial. 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