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La CI cuenta con el reconocimiento institucional como órgano coadyuvante de las funciones sustantivas del Centro (docencia, formación de recursos humanos, investigación y difusión), con espacio e instalaciones propias así como su registro en el Instituto Nacional de Ecología. El inventario biológico contenido en la CI, identificado al nivel de especie y con el 100% de sus sitios y localidades georrefenciados, forma parte del Sistema Nacional de Información de la CONABIO (SNIB), misma que ha favorecido la computarización y desarrollo de la base de datos desde 1993. Esta base de datos además de formar parte de la REMIB-CONABIO, es la única participante de Latinoamericana en el proyecto de bases de datos de peces en línea de alcance mundial: el Proyecto FishBase (www.fishbase.org). 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