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En el estado de Morelos el río Amacuzac, es el sistema acuático más importante, sin embargo, en lo actualidad no se han realizado trabajos integrales que permitan conocer la composición de su flora y fauna. Es por esto que con el presente estudio se pretende como objetivo principal conocer y recopilar información de la biodiversidad y distribución de la flora y fauna para su sistematización de la parte media y baja del río Amacuzac. Este proyecto se realizará en nueve localidades del río en el área comprendida entre Dos Bocas, ubicada en la zona de confluencia de San Jerónimo y Chontacoatlán en las grutas de Cacahuamilpa, hasta la localidad de Los Mangos, aproximadamente a 9 km. de los límites con el estado de Guerrero. 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Se realizará un ciclo anual de colectas de especies de 5 órdenes, 6 familias, 7 géneros y 8 especies de peces; 3 familias, 7 géneros y 9 especies de anfibios; 3 clases, 7 familias, 8 géneros y 10 especies de helmintos parásitos de peces y anfibios; 4 clases, 7 órdenes, 13 familias, 23 géneros y 40 especies de fitoplancton; 1 clase, 2 subclases, 1 orden y 10 especies de zooplancton; 3 órdenes, 18 familias, 42 géneros y 60 especies de insectos y 18 familias, 19 géneros y 26 especies de macrofitas. Con lo anterior se pretende obtener una colección de referencia con los grupos anteriormente citados, así como la elaboración de una base de datos de la flora y fauna realizada con el formato BIOTICA, de la CONABIO. Así mismo, se iniciará la elaboración de un manual de identificación de todos los taxa estudiados, para su utilización científica y en la docencia a nivel superior. 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